こんばんは、あいざわといいます。
Marketo/SFDC間のリードコンバージョン時の挙動については、以下のようになるかと思います。
まず前提として、フィールドマッピングでSFDCのLead及びContactの両方にマッピングされていても、
Marketo Leadが現在SFDCのLead or Contactのどちらと紐づいているか?はMarketo Leadの"SFDC Type"の値で分かります。
・Marketo LeadがSFDCのLeadと紐づいている→SFDC Typeが"Lead"
・Marketo LeadがSFDCのContactと紐づいている→SFDC Typeが"Contact"
※フィールドマッピングがLeadとContactの両方に紐づいていても、両方と同時に紐づくことはないです
そして、SFDC側でリードコンバージョンされる前、すなわちSFDC Type=Leadの状況ではSFDC Leadとのみ連携し、SFDC側でリードコンバージョンされた後は、SFDC Type=Contactに更新され、SFDC Contactとのみ連携するようになります。
また、"SFDC ID"フィールドには現在紐づいているSFDC側のオブジェクトIDが入りますので、このIDからLead or Contactのどちらのオブジェクトと連携中かをSFDC上で確認することも可能です。
ちなみにSFDC側でコンバージョンされたLeadオブジェクトは確かに削除されずに残りますが、SFDC LeadのIsConvertedのフラグが立ち、SFDC上でリードを検索しても、結果に出てこなかったのではないかと思います。
ご参考になれば。。